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农业银行卡的短信费扣费方式通常有以下几种。
1、直接存入资金到农业银行的账户中，银行会自动划扣短信服务费，当账户余额不足以扣费时，银行会先停止短信服务，直到账户余额充足时再次扣除费用，短信服务会恢复。
2、与银行卡绑定的手机号收到短信通知，通知中会告知短信费用已经扣除，这种通知通常会在扣费后立即发送，具体的扣费金额取决于所办理的短信通知服务是否按月或按季度扣费，如果账户余额不足以支付这笔费用，银行会先暂停短信通知服务，直到账户余额充足后才会再次扣除费用并恢复服务，具体的扣费金额和时间可以通过查询短信通知服务协议或咨询银行客服了解，也可以通过网上银行或手机银行等渠道查询账户明细，了解短信费用的具体扣费情况。
具体的扣费方式和时间可能因个人所在地区、办卡时间以及卡种而有所不同，如果对扣费情况存在疑问，建议直接联系农业银行客服或到当地农业银行柜台进行咨询。